显微镜在细菌学方面，扮演着一个主要的角色。细菌学家运用显微镜检查法，查出他要知道的细菌是上千万种中的哪一种。因为细菌非常小，直径只有几微米大小，因此，一定得使用具有高度放大率的显微镜检查不可。
细菌的检查方法，不是采取混悬液中的活体直接检查，就是涂成抹片染色之后再加检查。检查活菌最方便的办法，是『悬滴法』(the hanging-drop technique)，研究细菌的形态和动力，都可运用此法。活动性是鉴别细菌的另一种方法。会动的细菌可以快速地向某一方向前进，而不会前进的细菌，则只能借助周围媒质的旋流来活动。
