1、光学显微镜依样品的不同可分为反射式和透射式显微镜。

反射显微镜的物体一般是不透明的，光从上面照在物体上，被物体反射的光进入显微镜。这种显微镜经常被用来观察固体等，多应用在工业领域。在正置显微镜中，此类显微镜又称作金相显微镜。

透射显微镜所观察的物体是透明的或非常薄样品，光可透过它进入显微镜。这种显微镜常被用来观察生物组织，按照样品与物镜的位置关系又可分为正置式与倒置式两种。

2、光学显微镜依其聚光镜和物镜的设计，可分为明视野与暗视野显微镜。

明视野用来观察薄的染色生物组织样品。

暗视野的背景为黑色，能突显样品的细微面貌。观察未染色样品时，如活细胞等，可利用相位差功能，形成相衬显微镜。另外还有微分干涉差功能，形成微分干涉相衬显微镜。

3、依光源的不同，还有荧光显微镜、共聚焦显微镜等类别。

4、按使用目镜的数目可分为三目、双目和单目显微镜。

5、按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜。

6、按观察对像可分为生物和金相显微镜等。

7、按光学原理可分为偏光、相衬和微差干涉对比显微镜等。

8、按光源类型可分为普通光、荧光、紫外光、红外光和激光显微镜等。

9、按接收器类型可分为目视、数码（摄像）显微镜等。

常用的显微镜有双目体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、荧光显微镜等。